L'Institut Pasteur de Côte d'Ivoire (Ipci) a organisé le premier cours international sur l'épidémiologie génomique de Plasmodium falciparum en Côte d'Ivoire. C'était à l'attention d'une trentaine de participants (Chercheurs, d'enseignants-chercheurs, et d'étudiants.) du 28 novembre au 02 décembre 2022, à Abidjan-Cocody.

Pour la circonstance, l'Ipci a su convaincre l'académie Next generation sequencing (Ngs) d'Africa Central disease control (Cdc) de mobiliser ses spécialistes en la matière pour donner le premier cours du genre à l'Ipci à travers des cours théoriques et pratiques.

Durant ces cinq jours, les participants ont reçu, entre autres, un enseignement sur l'introduction à l'épidémiologie du paludisme, sur l'utilisation des offres de formation en ligne qui existe sur la génomique des populations de plasmodium falciparum. Formation disponible au niveau des sites web de l'Academie NGS du Pathogen genomic initiative (Pgi) portent sur les différentes approches en matière de recherche sur les questions d'épidémiologies du paludisme, à l'introduction à la programmation sous Linux, à l'apprentissage du langage BASH, à l'introduction à la bio-informatique / NGS, à bio statistique à l'aide de R et à la Bio sûreté/ biosécurité.

A l'ouverture, la Directrice de l'Institut pasteur, Professeur. Mireille Dosso était accompagnée de ses plus proches collaborateurs et soutenu par le doyen de l'Ufr Biosciences de l'Université Félix Houphouët-Boigny, Professeur Essetchi Paul. Elle a souhaité la bienvenue à la délégation composée de Camerounais, de Ghanéen, Sénégalais et Sud-Africain, venue dispenser le cours. Aussi a-t-elle précisé que c'est la première série de formations dispensées par l'Academie Ngs du Pgi sur la bio-informatique et en affirmant que c'est le début d'une longue collaboration.

« Les biologistes génèrent une quantité croissante de nouvelles données portant sur les génomes, les biomolécules, les organismes, leurs interactions et leur évolution. Il y a un besoin croissant d'approches informatiques pour la manipulation, le stockage, la visualisation et l'analyse de ces données souvent très complexes », a souligné Professeur Djaman A. Joseph, Chef du Département biochimie médicale et Fondamentale à l'Institut Pasteur, qui ainsi situé les enjeux de ce cours pour l'avenir de l'institut.

« L'existence de nouvelles technologies d'analyse de données doit passer par l'utilisation des schémas informatiques spéciaux »

Pour lui, il était donc impérieux de former des compétences nouvelles dans le domaine de la bio-informatique appliquée, la bio-informatique médicale, le génie bio-informatique et la bio-informatique théorique.

« L'existence de nouvelles technologies d'analyse de données doit passer par l'utilisation des schémas informatiques spéciaux pour arriver à des solutions, à des résultats de plusieurs questions scientifiques qui sont importants pour nos recherches », a précisé le formateur, Professeur Alfred Amangua Ngwa.

Il va s'ensuivre une seconde formation web labo qui consiste à un travail de laboratoire avec d'autres partenaires en Afrique de l'Est et une troisième formation encore plus profonde et un peu plus complexe.

Quant à Dr Archibald Kwamé et M. Mouhamadou Diop, ils ont dispensé les cours pratiques sur l'utilisation du système linux dans le traitement de données et ont montré l'importance de l'utilisation de Git et Git Hub, deux outils de sauvegarde des documents et pouvant être utilisé dans le travail collaboratif.

A propos de la formation, Dr Gbotto Ahou, enseignant-chercheur au département génétique de l'université Jean Lorougnon Guédé de Daloa a indiqué qu'elle apporte les rudiments, les outils nécessaires aux traitements de nos données de terrain. « Le logiciel R et le système Linux après cette formation, ces logiciels n'auront plus de secret pour nous dans leur utilisation pour l'exploitation des données de terrains. Je ferai bénéficier à mes collègues enseignants et mes étudiants les retombées de cette formation », a-t-déclaré.

Kouadjané Gnagoran Agnès Émilie, Doctorante à l'Institut National Polytechnique Houphouët-Boigny et stagiaire à l'unité de pôle de biologie de l'immunité de l'Institut pasteur a souligné que cette formation de bio-informatique est un atout pour son travail de recherche qui porte sur la conception d'un test de diagnostic et évaluation de certaines substances naturelles à action locale pour réduire la prolifération des acariens. Elle s'est dite heureuse de participer à cette formation.

Il faut signaler que depuis seize ans, l'IPCI héberge vingt centres nationaux de référence donc celui de surveillance de la chimiorésistance de Plasmoduim falciparum.

Salif D. Cheickna

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